Палеоазиатский языковой союз

Это может быть и собственно греческой инновацией: j- > ʝ- > ζ-. Думаю, что если стадия ʝ- была ещё праиндоевропейской, то ожидалось бы больше ИЕ ветвей с ζ-образными рефлексами.
Высказывалась также идея, что в ПИЕ были две j-фонемы, которые совпали везде, кроме греч., но, конечно, не получила большой поддержки.

Конечно, у древнегреков могло не быть достаточно графического инвентаря, но, надо полагать, что всё-таки и другое ζ < *di̭- звучало точно также...

Наиболее перспективна версия, что греческие ζ- и h- отражают различие ПИЕ *i- и *Hi- перед гласной. В пользу этого говорит то, что перед древним йотом в греч. никогда не бывает протетического гласного, хотя бывает перед *w, λ, μ, ν, ρ (греческие протетические гласные возникли в словах с начальным сочетанием "ларингал + неслоговой согласный").