Чередование hk:h

Как известно, карельский язык (собственно-карельское наречие) является одним из наиболее "чередующих" ступени, по сравнению с другими прибалтийско-финскими. Чередуется даже то, что у других неподвержено чередованиям, например mušta: muššat "чёрный: чёрные", matka - matan "путь - пути (род. п.)".
      Однако чередование hk:h происходит очень "несмело", только в некоторых северных говорах, да и там - только в глаголах. В эстонском же - вполне обычное чередование, в том числе в существительных: nahk "кожа" - nahad "ibid pl.". Интересно, с чем это связано?

Видимо, это связано с тем, что чередование ступеней развивалось по-разному в разных ПФ языках. Отмеченное вами чередование плозива, следующего за глухим согласным, имеет место также в ижорском и водском языках.На вопрос почему именно в этих языках, боюсь, ответа нет.
P.S. Вообще в чередовании ступеней согласных довольно много исключений из правил, причём они появляются постоянно. Напр., закономерная форма партитива korkeata (от korkea «высокий», в которой сильная ступень в аффиксе вызвана побочным ударением на третий гласный) в современном финском языке сменилась на korkeaa.